提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
数字赋能 功能拓展——南浔持续提升城乡寄递服务******
深入推进快递业进村,构建城乡贯通、内外融合的现代快递物流网,对促进乡村振兴、推动共同富裕意义重大。湖州市南浔区以数字化改革为抓手,拓展融合多种服务功能,扎实推进城乡寄递公共服务均等化改革,城乡寄递服务水平和能效获得持续提升。2021年、2022年,该区连续两年承办全省邮政快递业“两进一出”工作推进会;2022年5月,作为全省城乡寄递公共服务均等化唯一试点承办现场会;南浔邮政管理局荣获2021年度全省邮政管理系统突出贡献集体奖。
“当前快递作为‘新开门七件事’之一,越来越成为城乡居民必不可少的生活方式。近几年,我区快递收派量平均以每年40%速度增长,但农村快递服务质效远不如城镇,广大农村仍然是快递发展的薄弱区,推动城乡寄递公共服务均等化改革,通过一系列举措为农村居民打造舒适便捷的寄递服务,是现实趋势更是民生实事。”南浔邮政管理局主要负责人说。
数字化改革背景下,数字赋能成了南浔推进城乡寄递公共服务均等化改革最为显著的特点。该区以农村快递100%通达为目标,深植“管服融合”理念,开发“村易递在线”应用,联合国家邮政局发展研究中心合作开发“村邮助手”APP,运用数字技术、优化寄递流程、构建指数模型,打造“快件追踪”“通达地图”“企业画像”“协同智管”四大应用场景,推动农村寄递“管”出效率、“服”出便利,覆盖全区144个行政村(城镇规划区外)177个点位、10个快递62个网点,在全省率先实现所有快递品牌100%进村。
在优化体系上,南浔着力探索农村寄递服务新路径。目前,南浔正在加快建设一个区级邮政快递共配中心、七个镇街快递园区、N个村级快递便民服务点(共富驿站),形成“1+7+N”的区、镇、村三级寄递物流体系。在全省首创镇街快递网点园区化管理模式,推进乡镇末端网点标准化建设,可有效破解快递网点安全隐患多、监管难等痛点。
寄递服务如何助力共同富裕?南浔也在作出有效探索。在村级快递便民服务点全覆盖基础上,南浔以快递进村为链接,发挥快递引流作用,在农房集聚区、未来乡村等人流较大的区域大幅推广建设共富驿站。共富驿站实行专人管理,进驻金融、通信、商超、团购、招工等业务,充分发挥快递、银行、通信等多方优势,打造以寄递服务为基础、综合服务全拓展的农村集成服务新样板,实现群众就近办事“最多跑一次”。全区建成以双林镇七星桥村、练市镇荃步村等为代表的共富驿站28个。
改革出效率。目前,南浔快递企业派件时间平均缩短0.5天/件,跨部门协同处理案件平均时间由3天缩短为1天。农产品年均出村量20万余件,其中“快递+红美人”成为全区首个业务量超10万件的寄递服务农产品项目,“快递+淡水鱼苗”年业务量超3万件。快递园区、共富驿站纳入强村公司建设管理,快递营业网点租金成为村集体经济收入的重要来源。同时,快递园区、共富驿站的建设,带来一定的人流和物流,带动周边消费和服务,提供了卫生保洁、门卫、分拣等多个岗位,解决了村民就业,加上共富驿站带动农产品出村进城,实现助力1000余农户户均增收5000元以上。(达才金)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)