提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
“2022年闽台关系十大新闻”揭晓******
中新社福州1月17日电 (记者 闫旭)“2022年闽台关系十大新闻”17日在福州揭晓。
近日,福建省人民政府台港澳事务办公室、福建省人民政府新闻办公室组织部分中央和境外驻闽媒体、福建主要媒体召开线上评审会,评选出“2022年闽台关系十大新闻”,它们是:
1.第十四届海峡论坛成功举办 习近平总书记给台青回信
7月12日,第十四届海峡论坛在福建成功举办。论坛延续“扩大民间交流、深化融合发展”主题,两岸各界约2万人参与线上线下活动,其中2000余名台胞在闽参会。论坛举办前夕,中共中央总书记习近平给参加海峡青年论坛的台湾青年回信。习近平强调,希望你们多向台湾青年分享自己在大陆的经历和感悟,让更多台湾青年了解大陆,同大陆青年同心同行、携手打拼,锲而不舍、驰而不息,让青春在实现中华民族伟大复兴中国梦的伟大进程中绽放异彩。习近平总书记的回信在台湾青年中引发强烈反响。
2.在榕就业创业台胞选领首批配租房
1月18日,根据福州市《关于在榕就业创业台胞住房保障工作实施方案(试行)》的有关规定,在榕就业创业台胞选领首批配租房,当天共有72名台胞选定住房45套。这是福州市面向在地台胞推出的首批公共租赁住房,共计550套,在全省数量最多、力度最大。
3.福建面向海内外征集“迁台记忆”档案文献
3月14日,福建省台港澳办、省档案局、省台联、省档案馆联合发出公告,面向海内外开展“迁台记忆”档案文献征集工作。档案文献包括相关文书、信件、照片、证件、图书、方志、谱牒、地契、票据、实物等,将进一步丰富福建“迁台记忆”资源库,留住两岸同胞共同的历史记忆。
4.两岸各界民众线上线下纪念郑成功收复台湾360周年
6月14日,纪念郑成功收复台湾360周年大会在郑成功故里泉州南安市举行,海峡两岸各界500余人出席了在南安市主会场和台湾嘉义县分会场的活动。6月至10月,厦门、福州、南平也先后举办了学术研讨会、文化展等系列活动。
5.台胞答谢厦门宝太捐赠逾380万份快筛义举
7月11日,厦门市台商投资企业协会(以下简称厦门市台协会)等答谢厦门宝太生物科技股份有限公司捐赠新冠病毒抗原检测试剂活动在厦门举行。2022年以来,台湾疫情形势严峻,新冠病毒抗原检测试剂缺口巨大。宝太公司于6月定制了380万人份新冠病毒抗原检测试剂送往台湾,支援同胞战“疫”。厦门市台协会会长吴家莹、新党主席吴成典等致辞表示,宝太生物的义举有效帮助台胞抗击疫情,展现了血浓于水的同胞情谊。
6.福建十年来积极探索海峡两岸融合发展新路
8月30日,福建官方数据显示,十年来闽台贸易额达7000多亿元人民币,在闽台企超1万家,实际利用台资超100亿美元。
福建持续推动与金门、马祖“小四通”。截至2022年12月31日,累计向金门供水2468万吨,日均供水量约1.53万吨。发布225项台胞台企同等待遇清单,成功举办14届海峡论坛、10届海峡青年节及各项促进两岸交流活动。福建自贸试验区自挂牌运行七年多以来,50多个领域率先对台开放。
7.在闽台胞热议中共二十大报告 坚定在闽发展决心和信心
10月16日,中国共产党第二十次全国代表大会在北京开幕,引发在闽台胞台商关注热议。对于中共二十大报告中提到“尊重、关爱、造福台湾同胞”等涉台内容,台胞纷纷表示“很暖心”,让在大陆发展的台胞、台企吃下了“定心丸”,更坚定了他们继续扎根福建发展的决心和信心。
8.海峡青年节十周年:两岸青年交流交往交心交融
12月1日至5日,第十届海峡青年节集中活动在福州举办。十年来,海青节累计举办265项两岸青年交流活动,吸引近3万名两岸青年参与,其中台青1.4万名,涵盖百所台湾院校、百个台湾高校社团、百个台湾青年团体,成为两岸规模最大、层级最高、领域最广、影响最深的青年交流活动之一。
9.2022两岸企业家峰会年会聚焦产业合作绿色发展
12月20日,2022两岸企业家峰会年会在厦门举行,这是新冠疫情发生以来首次在线下举办的峰会年会。中共中央政治局常委王沪宁向两岸企业家峰会理事会发贺信,代表中共中央和习近平总书记,向峰会全体会员和与会嘉宾致以问候,希望两岸企业家做新时代新征程上构建新发展格局、推动高质量发展、推进中国式现代化的生力军。
本届峰会以“建构产业合作新模式,打造绿色数字新经济”为主题,共有300多位两岸工商团体代表、企业家、政府代表参会,超1500位两岸工商界人士通过线上直播积极参与互动。
10.台胞强烈呼吁台当局尽速恢复“小三通”
11月15日,厦门市台商投资企业协会、莆田市台湾同胞投资企业协会赴厦门五通码头了解“小三通”口岸设施等情况,向台当局喊话,盼以民众福祉为重,尽快恢复“小三通”。11月23日,全省七地台协会联合发表“我们要回家过年”请求书。12月12日,应厦门市台商投资企业协会、福州市台胞投资企业协会邀请,金门、马祖当选县长带领民意代表赴厦门会商“小三通”复航便利化措施。这是疫情发生近三年来台湾县(市)长首次“破冰之旅”。
12月22日,台湾地区行政管理机构宣布通过“金马地区民众春节交通专案”,即春节前后两周内允许金马民众及陆配循“小三通”航线返乡过年,但不允许台商中转。消息引发大陆台商强烈不满,福建11家台协会再次联合发表声明,呼吁“不要‘切香肠’式‘小三通’,让我们顺利回家”。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)